Фамилия Фаисханова — редкий случай, когда в основе лежит не просто имя, а сложносоставное арабское имя с религиозным подтекстом. Её носительницы (а это женская форма, мужская — Фаисханов) почти наверняка происходят из татарской или башкирской среды, где такие имена были распространены среди мусульманского населения.

Разбираем по частям. Первая часть — «Фаис» (араб. فائز) означает «победитель», «достигающий успеха», «спасающийся». Вторая — «хан» (тюрк. хан) — титул правителя, но в составе личных имён он давно потерял властный смысл и стал просто благозвучным компонентом, указывающим на знатность или пожелание силы. Получается имя Фаисхан — «победоносный правитель» или «успешный хан». Суффикс -ов-/-ова — типичный русский патронимический формант, который в XIX–XX веках прикрепили к тюркским именам при оформлении документов. То есть Фаисханова — буквально «дочь (или жена) Фаисхана».

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в среде татарской диаспоры в Средней Азии и Западной Сибири. В дореволюционных метрических книгах (махалля) её могли записывать по-разному: Фаисханов, Фаизханов, Фейсханов — из-за разницы в транслитерации арабской буквы «зайн» (ز). Вариант с буквой «с» (Фаис) встречается реже, чем с «з» (Фаиз), но оба восходят к одному корню.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён, Фаисханова не имеет отношения к православным святцам. Её носители — потомки людей, которые вплоть до XX века сохраняли исламскую традицию имянаречения. Сословно предки могли быть как крестьянами (государственными или уделыми), так и купцами или муллами — точных данных нет, но имя «хан» в составе обычно давали в семьях, где ценили родословную, пусть и не обязательно аристократическую.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Фаизов (без «хан») встречается гораздо чаще и означает просто «сын Фаиза». Добавление «хан» — маркер более сложной, двухкорневой антропонимической модели, характерной для городских татар XIX века.