Фамилия Федоксеева — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах, но разговор о происхождении ведётся по мужскому варианту Федоксеев. Основа здесь — неканоническое, народное имя Федоксей. Это результат упрощения полного крестильного имени Феодосий (греч. Theodosios — «данный Богом»). В русской устной традиции многосложные имена часто «стягивались»: Феодосий превращался в Федос, Федосей, а в некоторых говорах — в Федоксей. Суффикс -ей был распространённой формой народных вариантов (сравните: Арсей от Арсений, Матвей от Матфей). Таким образом, Федоксеев буквально означает «сын Федоксея».

Модель образования фамилии — типичная для северных и центральных областей России: к основе имени на согласный прибавляется суффикс -ев (а не -ов, как в случае с основами на твёрдый согласный). Это правило действует, когда исходное слово оканчивается на -й или мягкий знак: Федоксей → Федоксеев. Такая морфология указывает, что фамилия сложилась в среде, где патронимическая система уже была устоявшейся, то есть не раньше XVI–XVII веков.

Географически фамилия Федоксеева встречается крайне редко. Основные очаги — Вологодская и Архангельская области, а также Забайкалье (куда переселенцы из Русского Севера принесли свои говоры и именослов). В переписях XVIII–XIX веков носители фамилии записаны преимущественно как государственные крестьяне или мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Стоит отметить, что написание через «о» (Федоксеев) отличает эту фамилию от более распространённой Федосеев, образованной от имени Федосей. Вариант с «кс» — диалектный или результат индивидуального произношения, закреплённый в документах. Возможно, в конкретной местности имя Федоксей бытовало как самостоятельное, а не как искажение Феодосия.

Если вы ищете сведения о своих предках Федоксеевых, стоит проверять метрические книги и ревизские сказки именно по Вологодской губернии и Забайкалью. В других регионах фамилия встречается единично и, скорее всего, связана с миграцией северорусского населения в XIX–XX веках.