Фамилия Фекин — редкий случай, когда основа происходит не от полного церковного имени, а от его просторечной, сокращённой формы. В основе лежит имя Фека — один из многочисленных вариантов крестильного имени Феоктист (от греческого «созданный Богом»). В народной речи это имя сокращали и переделывали: Феоктист превращался в Фектиста, Фектистова — в Фекова, а затем и в Феку. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Фекин» буквально означало «сын Феки» или «человек из семьи Феки».

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с прозвищем Фека. В диалектах северных и сибирских областей «фекой» могли называть неопрятного, неряшливого человека — слово происходит от глагола «фекать» (пачкать, марать). Однако эта версия спорная: ономасты обычно отдают предпочтение антропонимическому, а не апеллятивному (нарицательному) происхождению, если есть прямой путь от имени.

Интересная деталь: написание фамилии с буквой «е» под ударением (Фе́кин) встречается нечасто. В некоторых регионах, особенно на юге России, фамилию могли произносить как «Фикин» — это результат аканья, когда безударное «е» переходило в «и». В письменных источниках XIX века встречаются оба варианта, что затрудняет генеалогический поиск, но зато позволяет отличить носителей фамилии от однофамильцев-«акальщиков».

Сословная принадлежность Фекиных неоднородна. В ревизских сказках XVIII–XIX веков эта фамилия встречается у государственных крестьян центральных губерний (Тверская, Ярославская, Костромская) и изредка — у мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для отчеств, образованных от просторечных форм имён.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Феклистов, Феклушин, Феклин — показывает, что Фекин стоит особняком: все они образованы от полных или уменьшительных форм имени Фекла (женского), а Фекин — мужского Феоктист. Это делает фамилию своеобразным маркером: если в роду передавали предание, что предка звали Феоктистом, то версия с именем-основой получает прямое подтверждение.