Фамилия Фернатий стоит особняком: она не вписывается в типичные русские модели на -ов, -ин или -ский. Её основа — Фернат — не имеет славянских корней и не встречается в древнерусских именниках. Скорее всего, перед нами редчайший случай латинизированной или грецизированной фамилии, возникшей в среде духовенства.

В семинарской среде XVIII–XIX веков было принято «облагороживать» фамилии, переводя их на латынь или греческий. Если исходная фамилия семинариста звучала как Фернов, Фернин или происходила от прозвища Феря (от «ферт» — щеголь, вертлявый человек), то при поступлении в училище её могли переделать в Фернатий по аналогии с латинскими именами типа Фернандус или греческими на -ий. Окончание -ий здесь — типичный признак искусственного книжного образования, имитирующего античные имена.

Другая версия, менее вероятная, но не исключённая: фамилия могла возникнуть из итальянского или испанского Fernando через посредство польского языка. В этом случае Фернатий — это русифицированная форма имени Фернанд, которую дали в качестве фамилии выходцу из южноевропейских земель или его потомку. Однако для России XIX века такая прямая передача без адаптации через -ов — случай почти уникальный.

Самое правдоподобное объяснение: Фернатий — это «кабинетная» фамилия, придуманная в духовной академии. Её носитель, скорее всего, происходил из семьи причетника или священника, получившего при поступлении в училище новую, звучную фамилию вместо старой, слишком простонародной. Географически такие фамилии чаще всего встречались в центральных епархиях — Московской, Владимирской, Костромской, где семинарские традиции были особенно сильны.

Встретить фамилию Фернатий в крестьянской или купеческой среде почти невозможно: она слишком книжная и редкая. Это фамилия-маркер, указывающая на образованного предка, который имел дело с латынью и церковной наукой. Сегодня она сохранилась в единичных экземплярах, и каждый её носитель — обладатель уникального ономастического артефакта.