Фамилия Фидонян — яркий пример армянской модели фамилии, которая образована с помощью патронимического суффикса -ян. Этот суффикс в армянском языке означает принадлежность к роду, то есть «Фидонян» буквально переводится как «из рода Фидо» или «потомок Фидо». Основа «Фидон» — это, скорее всего, личное имя или прозвище.

Корень «Фидон» не имеет прямого значения в современном армянском языке, что указывает на его заимствованное происхождение. Наиболее вероятная версия связывает его с греческим именем Фи́дон (Φείδων). В древнегреческой истории известен Фи́дон Аргосский — царь, проводивший денежную реформу и введший систему мер. Однако в бытовой среде имя могло распространиться через христианские или торговые контакты. Менее распространённая гипотеза возводит основу к греческому слову «фидос» (φείδος) — «бережливость», «скупость», что могло стать прозвищем экономного или расчётливого человека.

География бытования фамилии Фидонян сосредоточена в Армении, а также в армянских диаспорах России, Грузии и стран Ближнего Востока. Встречается она реже, чем фамилии на -ян от распространённых имён (например, Петросян или Арутюнян), что говорит о локальном или семейном характере её происхождения. Внутри армянской ономастики есть близкие по структуре фамилии Фидоян (с тем же корнем) и Фиданян (с вариантом основы «Фидан»), что подтверждает существование имени Фидо в разных говорах.

Сословная принадлежность предков Фидонян не определяется по фамилии напрямую — армянские фамилии на -ян носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Однако суффикс -ян, в отличие от княжеских -уни или -янц, указывает на свободное, но не обязательно знатное происхождение. В XIX веке, когда фамилии закреплялись окончательно, носители имени Фидо могли быть ремесленниками или мелкими торговцами, а само имя — передаваться по мужской линии как родовое.