Фамилия Федонян — яркий пример того, как армянская модель образования фамилий «работает» с христианским именем. Её основа — крестильное имя Федон, одна из народных форм канонического имени Феодор (от греческого Theodoros — «дар Божий»). В русской среде имя Феодор дало множество производных: Федя, Федюня, Федоня. Последняя форма и легла в основу фамилии.

Суффикс -ян (в диалектных вариантах -янц, -енц) — типичный армянский патронимический показатель, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». Таким образом, Федонян буквально означает «из рода Федона» или «сын Федона». Это не прозвище по профессии или внешности, а чисто родовая фамилия, указывающая на имя отца или основателя рода.

Интересно, что в армянской ономастике фамилии на -ян часто образовывались не напрямую от полных имён, а от уменьшительно-ласкательных форм, которые в быту были распространены шире, чем официальные. Федоня — именно такое «домашнее» имя, которое закрепилось как фамильное. В отличие от русских фамилий на -ов (Федоров, Федюнин), где суффикс меняется в зависимости от окончания основы, армянский -ян универсален и присоединяется напрямую.

Географически фамилия Федонян типична для регионов исторической Армении, входивших в состав Российской империи, — особенно для Нагорного Карабаха и Зангезура. Встречается она и у потомков армянских переселенцев в Краснодарском крае, Ростовской области и Ставрополье. В среде носителей этой фамилии нередки были ремесленники и торговцы, но сословной привязки у неё нет: Федонянами могли быть и крестьяне, и мещане, и священники.

Сравните с однокоренными армянскими фамилиями: Федорян (от полного имени), Федян (от краткой формы Федя), Федосян (от уменьшительного Федос). Федонян стоит в этом ряду особняком — как форма, сохранившая редкий вариант имени, который в русской традиции почти исчез, но закрепился в армянской фамильной системе.