Фамилия Федонов звучит так, будто предки её носителей были людьми книжными или, по крайней мере, наслышанными об античной философии. Но обо всём по порядку.

В основе фамилии лежит имя Федон (Phaedon). Так звали древнегреческого философа, ученика Сократа и основателя элидской школы. Именно его именем назван знаменитый диалог Платона о бессмертии души. Сюжет диалога — последний день земной жизни Сократа, где тот пытается доказать молодым ученикам, что его душа переживёт тело и после смерти отправится путешествовать по прекрасным местам. Имя это в православные святцы не входило, поэтому в Россию оно попало не через церковный календарь, а скорее через светскую культуру — в эпоху, когда образованные люди зачитывались античными авторами и называли детей в честь героев древности.

Здесь есть одна тонкость, из-за которой фамилию легко перепутать с другой. Если бы фамилию образовали напрямую от канонического имени Федот или Феодор, мы бы имели дело с Федотовыми или Фёдоровыми. Но Федонов — это отдельная линия. Имя Федон в русском быту было редкостью, а потому и фамилия получилась штучной, не массовой.

Суффикс -ов в данном случае присоединяется к основе мужского имени, что соответствует обычной притяжательной модели: Федонов значит «сын Федона», «ребёнок Федона». Любопытно, что здесь мы встречаем редкий случай, когда имя-основа не склоняется по типичным русским шаблонам. Для сравнения: от нарицательного «роза» возникала фамилия Розов, а не Розин, хотя по правилам русского языка суффикс -ов присоединяется только к словам мужского рода. С Федоном всё проще: имя мужское, поэтому никакого противоречия нет, но сам факт того, что основа — имя собственное, а не нарицательное, выделяет фамилию из ряда «цветочных» или «ремесленных».

Вероятнее всего, фамилия закрепилась в среде духовенства или разночинной интеллигенции, где античные имена давали детям в знак образованности. Позже, в XIX веке, такие фамилии могли давать семинаристам — это была распространённая практика, когда будущим священникам меняли фамилии на более благозвучные, возводя их к греческим именам и понятиям. Однако твёрдых исторических подтверждений именно семинарского происхождения Федоновых нет, так что ограничимся предположением.

Встречаемость фамилии невысокая, она не входит в число распространённых. Это скорее редкая, локальная фамилия, которая могла возникнуть в нескольких независимых местах. Носители её, как правило, имеют прямую отсылку к конкретному предку по имени Федон — либо реальному, либо получившему такое имя при крещении или при поступлении в учебное заведение.

Если коротко: Федонов — фамилия с античным следом, образованная по стандартной русской модели от личного имени. Она не про профессию и не про прозвище, а про имя, которое в своё время выбрали для человека, и это имя оказалось настолько значимым, что закрепилось за целым родом.