Фамилия Федонин звучит как отчество, застывшее в третьем поколении. Её основа — не церковное имя Феодор в его полной форме, а его домашний, обиходный вариант Федоня. Так в старину звали ребёнка или близкого человека в кругу семьи, и именно эта ласкательная форма, а не строгое «Феодор», закрепилась в фамилии. Значение имени восходит к древнегреческому Theodōros — «божий дар», так что в основе фамилии лежит пожелание или констатация того, что ребёнок был даром свыше.

Модель образования проста: к основе Федон- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Федонин буквально означает «сын Федони», а ещё раньше — «человек из семьи Федони». Такой тип фамилий — от уменьшительных имён — один из самых распространённых в русской ономастике. Рядом с Федониными в тех же документах могли стоять Федины, Федяевы, Федькины: все они выросли из разных производных форм одного и того же имени, и по фамилии можно догадаться, какое именно прозвище закрепилось за родоначальником.

Интересно, что суффикс -ин в этой фамилии указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий или шипящий звук, что типично для северорусских и центральных говоров. В южных регионах чаще встречалась бы форма Федонов. Поэтому, хотя точное место возникновения фамилии установить сложно — процесс формирования фамилий растянулся на столетия — само написание даёт намёк на географию: скорее всего, предки жили к северу от Оки.

В отличие от фамилий, образованных от полных имён (Фёдоров), Федонины сохранили в себе память о живом, разговорном языке, на котором говорили в повседневности. Это не канцелярская фиксация, а слепок устной традиции: имя Федоня бытовало в крестьянской и посадской среде, и фамилия несёт отпечаток простонародной культуры. Она — памятник не столько письменности, сколько живого произношения, которое редко попадало в документы, но именно из него вырастали устойчивые родовые прозвания.