Фамилия Федонин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Федонин послужило церковное имя Феодор. В основу фамилии Федонин легло имя Федоня — производная форма имени Феодор, которое восходит к древнегреческому theodoros, что значит «божий дар». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Федоня, со временем получил фамилию Федонин. О точном месте и времени возникновения фамилии Федонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Федонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.