Фамилия Федон — редкий случай, когда фамилия почти полностью совпадает с исходным именем, но не с тем, что лежит на поверхности. На слух она напоминает греческое «Федон» (Phédon) — имя философа-элеата, ученика Сократа, героя одноимённого диалога Платона. Однако в русской традиции такая прямая античная отсылка маловероятна для крестьянской или мещанской среды. Скорее всего, перед нами усечённая форма от канонического имени Федот, которое в свою очередь восходит к греческому Theódotos — «данный богами».

В словообразовательной цепочке фамилия Федон могла возникнуть двумя путями. Первый — диалектное или бытовое сокращение имени Федот до Федон (по аналогии с тем, как Дмитрий превращался в Митя, а не в Дмитрона). Второй — влияние украинского или белорусского произношения, где конечный «-т» в разговорной речи мог заменяться на «-н» или отпадать. Суффикса -ов или -ин в фамилии нет, что указывает на её относительно позднюю фиксацию в форме, близкой к прозвищу или личному имени, без патронимического оформления. Такие «голые» фамилии (без суффиксов принадлежности) встречаются реже и часто принадлежат к южнорусским или украинским говорам.

Географически фамилия Федон не привязана к какому-то одному региону, но по данным открытых источников и телефонных справочников, основная масса носителей живёт на юге России (Краснодарский край, Ростовская область) и на Украине. Это косвенно подтверждает версию о южнорусском или малороссийском происхождении, где фамилии на -енко, -ук и бессуффиксные формы распространены шире, чем на севере.

В некоторых случаях нельзя исключать и редкое греческое происхождение: в Причерноморье и Крыму жили греческие общины, и фамилия Федон могла быть принесена переселенцами из Понта. Но тогда она писалась бы через «э» (Фэдон) или имела бы греческий суффикс -иди. Современное русское написание с «е» и без окончания склоняет к версии об имени Федот.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Федотов, Федоткин, Федотенко, — то Федон стоит особняком: она короче, звонче и лишена «служебного» суффикса. Это могло дать её первому носителю преимущество в запоминаемости, но и затруднить идентификацию в документах — чиновники могли записать её на слух как Федотов или Федот, что привело бы к путанице. Поэтому фамилия и осталась редкой: для неё нужна была устойчивая традиция произношения именно «Федон» в семье, а не случайная описка писаря.