Фамилия Федонкин образована от имени Федоня. В свою очередь, Федоня — это народная, обиходная форма крестильного имени Феодор (в просторечии Фёдор), которое в переводе с греческого означает «дар Божий». Уменьшительно-ласкательные варианты имени Фёдор в русской среде множились десятками: Федя, Федюня, Федоня, Федул, Федька и так далее. Именно форма Федоня, с суффиксом -он-, и легла в основу фамилии.

Модель образования здесь простая и типичная для русского Севера и центральных областей: к основе Федон- добавили суффикс принадлежности -кин. Вопрос «чей?» давал ответ: «Федонкин» — то есть сын, потомок Федони. Суффикс -ин (с вариантами -ын, -кин) указывает на прямое родство, и в этом смысле Федонкин — типичная патронимическая фамилия, одна из многих, образованных от уменьшительных форм канонических имён.

Интересно, что фамилия Федонкин встречается значительно реже, чем, скажем, Фёдоров или Федин. Это объясняется тем, что форма Федоня была менее распространена, чем базовое Федя. Она могла бытовать в определённых говорах или в отдельных семьях как ласковое прозвище. По этой же причине фамилия не получила широкой географической разбросанности: её чаще можно встретить в документах по Вологодской, Архангельской областям и в Поволжье, где сохранялись архаичные диалектные черты.

С точки зрения социальной истории, Федонкин — фамилия крестьянская или мещанская. В дворянской среде было принято записывать фамилии по полной форме имени (Фёдоров, Феодоров), а уменьшительные варианты закреплялись за простыми сословиями. Так что предки носителя фамилии Федонкин, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а их родоначальника в быту звали не иначе как Федоня.