Фамилия Федонина образована от старинного русского имени Федоня. Это не самостоятельное имя, а производная, уменьшительная форма канонического имени Феодор, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В основе лежит древнегреческое Theodoros, что переводится как «божий дар» или «дарованный Богом». То есть, если говорить просто, Федоня — это один из народных вариантов имени Фёдор, такой же, как Федя, Федул или Федот.

Сама фамилия построена по классической для русских фамилий модели: к основе Федоня добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Первоначально Федонина означало «чьи вы будете?» — «Федонины», то есть дети, жена или домочадцы человека по имени Федоня. Со временем это притяжательное прилагательное закрепилось как наследственное родовое прозвание и перешло в разряд фамилий.

Судя по форме имени, основатель рода Федониных был человеком из простого, крестьянского или посадского сословия. В среде знати и боярства использовали полные церковные формы — Феодор, а вот уменьшительные, «домашние» имена вроде Федоня как раз и были распространены среди простого люда. Поэтому фамилия несёт в себе отпечаток социального происхождения: она указывает на крестьянские корни, а не на аристократическую родословную.

Интересно, что фамилия Федонина встречается реже, чем однокоренные Фёдоров, Федин или Федюнин. Это объясняется тем, что форма Федоня не получила такого широкого распространения, как Федя. Тем не менее, она сохранилась в ономастических словарях как самостоятельное образование, и её носители могут с уверенностью проследить свою родословную до человека, которого в быту звали ласково Федоней.