Мужское крестильное имя Феодор в переводе с древнегреческого означает «Божий дар». Уже от имени Федор возникло бесчисленное множество производных форм, одна из которых – Федонька – и легла в основу данной фамилии. Скорее всего, основатель рода Федонькиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Федонька, со временем получил фамилию Федонькин.