Фамилия Федонькин происходит от мужского крестильного имени Феодор, которое в переводе с древнегреческого означает «Божий дар». Это имя пришло на Русь вместе с христианством и быстро стало одним из самых распространённых, дав начало огромному количеству производных форм: от Феди и Федюни до Федоньки. Именно уменьшительная форма Федонька и легла в основу фамилии.

Суффикс -кин указывает на модель образования, типичную для русских фамилий: так называемые «малые» или обиходные имена часто становились основой для обозначения потомка. Федонькин буквально означает «сын Федоньки», то есть человек, чей предок носил это ласковое домашнее прозвище. Со временем, когда фамилии закрепились официально, форма с суффиксом -ин/-кин зафиксировала прямую принадлежность к отцу, что характерно для северных и центральных регионов России.

Интересно, что в основе фамилии лежит не сама каноническая форма Феодор, а её разговорный вариант, который звучал мягче и короче. Это говорит о том, что предки носителей фамилии в быту пользовались именно уменьшительным именем, а не полным церковным. Подобные фамилии на -онькин встречаются реже, чем на -ов или -ев, поэтому Федонькин выделяется на фоне более частотных Фёдоровых и Фединых.

Правописание фамилии с буквой «е» в первом слоге — ещё одна примета её народного происхождения. В дореволюционных документах можно встретить варианты Федонин или Федонкин, что отражает живую традицию произношения, когда безударные гласные звучали неотчётливо. Однако именно форма Федонькин закрепилась как основная, сохранив память о том самом Федоньке, чьи потомки разнесли эту фамилию по разным уголкам страны.