Фамилия Филахтов — редкая и неочевидная с первого взгляда. Если отбросить современное звучание, в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, искажённое греческое слово. Разбираем по порядку.

Корень здесь — «филакт» или «филактос». В греческом языке φύλαξ (филакс) означает «страж», «хранитель», а φυλακτή (филакте) — «стража» или «охрана». Через церковную и монашескую среду это слово попало в русские святцы: известно имя Филакт (редкое, но реальное). От него по стандартной модели и появилась фамилия: Филакт + суффикс притяжательности -ов, то есть «сын Филакта». Форма Филахтов — результат народной переделки: греческое «кт» в русском просторечии часто заменяли на более привычное «хт», как в слове «филиал» превращали в «фихтиаль» в диалектах. Так Филактов стал Филахтовым.

Суффикс -ов указывает на происхождение из центральной России или Поволжья, где эта модель преобладала. Фамилия явно недворянская — такие «греческие» фамилии обычно получали дети причетников, дьячков или священников, чьи отцы носили редкое календарное имя. В метрических книгах XIX века Филахтовы встречаются в основном в Тверской и Ярославской губерниях, что подтверждает связь с сельским духовенством.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от прозвища Филахт, которое могли дать бдительному, зоркому человеку — «сторожу» или «охраннику» в переносном смысле. Но имя-основа встречается в святцах, так что церковное происхождение надёжнее. В любом случае, фамилия Филахтов — редкий пример того, как греческое слово, пройдя через русский язык и народную фонетику, сохранило смысл «защитника» или «стража».