Фамилия Филипкова — женская форма от Филипков, а та, в свою очередь, образована от имени Филипп. Казалось бы, всё прозрачно, но именно суффикс -ков вместо привычного -ов указывает на любопытную деталь: перед нами не просто отчество, а форма притяжательного прилагательного с уменьшительным оттенком. В русской ономастике модели на -ков и -ев часто появлялись от обиходных, сокращённых вариантов имени: Филипп в быту превращался в Филю, но мог звучать и как Филипко — особенно в южнорусских и украинских говорах. Значит, родоначальника звали не просто Филипп, а Филипко, и это имя закрепилось за его потомками.

Географически фамилия Филипкова встречается в разных регионах, но заметный след оставила на Русском Севере и в центральных областях России. В переписных книгах XVII века нередко фиксировали крестьян и посадских людей с таким именованием. В отличие от дворянских родов, чьи фамилии часто застывали в книжной форме, Филипковы — это типичная «низовая» фамилия, возникшая в среде, где отчество передавалось по наследству без лишних формальностей.

Если копнуть глубже, имя Филипп (греч. «любящий коней») в христианской традиции связано с апостолом Филиппом, но в крестьянском быту оно давно утратило книжное звучание и обросло просторечными вариантами. Филипко — один из них, и суффикс -к- здесь не столько уменьшительный, сколько «обиходный», как в именах Иванко, Петрунко. Поэтому фамилия Филипкова — прямое указание на то, что предок носил имя в его разговорной, а не церковной форме.

Встречаются и редкие варианты написания — Филипков, Филипкова, но ударение почти всегда падает на второй слог: Фили́пкова. В некоторых говорах могло произноситься с «фыркающим» [ф] и мягким [п’], что выдаёт носителя северного или вологодского происхождения. Сегодня фамилия не считается редкой, но и не входит в число самых массовых — по данным переписей, её носят несколько тысяч человек по всей России.