Фамилия Филиппьева — один из тех случаев, когда на слух форма кажется притяжательной на -ев (как Иванов, Петров), но на деле она образована иначе. Здесь работает редкий суффикс -ьев, который указывает не на прямого сына, а на человека, находящегося в более отдалённом родстве или принадлежащего к группе людей, объединённых общим признаком. В данном случае основа — мужское имя Филиппей, народная форма канонического имени Филипп. В русских говорах имя Филипп часто «обкатывали» до более привычного звучания: Филиппей, Филиппка, Филя. Филиппьева — буквально «жена Филиппея» или «дочь Филиппея». Но не стоит путать с фамилией Филиппова — та образована от полной формы имени Филипп через суффикс -ов, что типично для большинства русских фамилий.

Суффикс -ьев встречается значительно реже, чем -ов или -ев, и часто маркирует севернорусское или периферийное происхождение фамилии. В отличие от московских земель, где предпочитали -ов/-ев, в новгородских и вятских говорах, а также на Русском Севере, бытовали формы вроде Филипьев, Ильин, Сергиев. Филиппьева — женский вариант от Филиппьев, который, в свою очередь, мог означать не только «сын Филиппея», но и «человек из семьи Филипповых» или даже «работник, слуга Филиппа». Такая многозначность — обычное дело для фамилий на -ьев.

Имя Филипп (от греческого «любящий коней») пришло на Русь с крещением и было распространено среди всех сословий, но особенно часто встречалось в купеческой и крестьянской среде. Поэтому носители фамилии Филиппьева — потомки тех, кто носил имя Филипп или его производное Филиппей. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, но не образует плотных гнёзд — это скорее рассеянный тип, что говорит о её относительно позднем закреплении (XVII–XIX века), когда фамилии начали массово фиксировать в метрических книгах.

Если сравнивать с однокоренными: Филиппов — самая частая и прямая форма, Филипьев — более редкая, а Филиппьева — женская параллель к последней. В дореволюционных документах встречаются колебания в написании: Филипьева и Филиппьева (с одной или двумя буквами «п»). Двойное «пп» в корне — признак книжного, церковного произношения, которое стремились сохранить при записи в документах, хотя в быту имя звучало как Филипей. Так что современная орфография фамилии закрепилась под влиянием грамотных писарей, а не народного говора.