Фамилия Филищинский — одна из тех, в которых слышна польская или западнорусская огласовка. Её основа — имя Филипп, но не напрямую, а через уменьшительную форму Филиш или Филища. В польской и украинской традиции имя Филипп давало целый ряд производных: Филипек, Филипович, а также Филиш, от которого и образована фамилия. Суффикс -инский (польск. -iński) указывает на дворянское или шляхетское происхождение — в Речи Посполитой такую модель часто использовали для обозначения владельцев поместья или выходцев из определённой местности. Филищинский, таким образом, мог означать «потомок Филиша» или «человек из поместья Филища».

Словообразовательная цепочка проста: Филипп → Филиш (усечённая ласкательная форма) → Филищинский (с притяжательным суффиксом -ин- и топонимическим -ский). В русских землях аналогичные фамилии образовывались через суффикс -ов (Филиппов), но форма на -ский — явный маркер западного влияния. Фамилия могла закрепиться на территории современных Беларуси, Украины или западных областей России, где польская ономастическая традиция была сильна.

Версия о происхождении от прозвища Филища (от диалектного «фили́ть» — хитрить, лукавить) менее вероятна: глагол этот редок, а имя Филипп в народной среде давало множество производных, и именно они — главный источник фамилий. Связь с названием населённого пункта (например, Филищино) тоже возможна, но в топонимике таких названий почти нет, и первичным всё равно оказывается личное имя.

Сословная принадлежность носителей фамилии могла быть разной. Шляхетский суффикс не гарантирует дворянства: в XIX веке фамилии на -ский активно присваивали крестьянам и мещанам при переписях, особенно в западных губерниях Российской империи. Поэтому Филищинский мог быть как обедневшим шляхтичем, так и крестьянином, которому дали «благородную» фамилию по отцу.

Сегодня фамилия редкая. Её носители встречаются в основном в центральной России и на Украине, но точных статистических данных нет. Известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, не попавших в дворянские родословные книги.