Фамилия Филийончик — редкий случай, когда географическое происхождение почти очевидно, а корень вызывает вопросы. Фамилия явно восточнославянская, но с характерным белорусским или украинским суффиксом -чик. В русских фамилиях этот суффикс встречается реже, а в белорусских и украинских — активно образует уменьшительные или патронимические формы (как Бондарчик, Ковальчик). Филийончик, скорее всего, пошёл от имени или прозвища.

Основа — Филийон. Это может быть производное от имени Филипп, которое в народных формах давало Филя, Филька, а с экспрессивным суффиксом -ён — Филийон (сравните: Семён — Семенийон, но здесь скорее Филя + -ён). В белорусском языке -ён даёт смягчение, и Филийон — естественное «народное» имя от Филиппа. Другой вариант: основа связана с греческим именем Филон (от «филео» — любить), но для фамилии Филийончик это менее вероятно: форма с -ён типична именно для славянской адаптации.

Суффикс -чик в данном случае не просто уменьшительный, а патронимический: Филийончик — «сын или потомок Филийона». Такая модель характерна для западного региона: Полесье, Волынь, Гродненская область. Если предок носил прозвище Филийон (вероятно, по имени Филя или уменьшительное от Филипп), то его дети и внуки стали Филийончиками.

В польском языке есть фамилия Filion, но с суффиксом -czyk (Филиончик). В русских документах фамилия могла писаться с буквой «ё» или без неё, а также через «ф» (Филийончик) или «хв» (Хвилийончик) — последнее указывало бы на украинское произношение. Но написание с «ф» говорит о книжном, церковном влиянии: имя Филипп в народе часто заменялось на «Пилип», а фамилия тогда звучала бы как Пилипончик.

Точных данных о сословной принадлежности нет, но суффикс -чик в фамилиях редко встречается у дворянства — это скорее мещанская или крестьянская среда. Филийончик мог быть потомком ремесленника или крестьянина, которого в документах записали по имени отца. Сейчас фамилия встречается в Беларуси, на западе Украины и среди потомков эмигрантов в России. Встречается редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: носители, скорее всего, связаны общим корнем из одного села или местечка.