Фамилия Филофьева — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а полное церковное имя, причём в необычной огласовке. Это женская форма, мужская — Филофьев. Образована она от канонического имени Филофей. В русской традиции это имя известно по святцам, но в народе оно почти не прижилось: слишком книжное, тяжёлое для бытового произношения. Поэтому фамилия Филофьев встречается редко и в основном в среде духовенства или старообрядцев, где ценили редкие греческие имена.

Разберём корень. Филофей (греч. Φιλόθεος) буквально означает «боголюб»: «филео» — люблю, «теос» — Бог. Имя популярно в православии, но в России его давали не крестьянам, а монахам или священникам. Отсюда и фамилия: скорее всего, предок носительницы был либо священнослужителем, либо получил фамилию по имени отца-семинариста. Суффикс «-ев» указывает на принадлежность — «сын Филофея», что типично для фамилий из полных имён, а не из уменьшительных форм.

Интересная деталь: в бытовой речи имя Филофей часто переделывали в Филат, отсюда пошла фамилия Филатов. Но Филофьев — это именно книжный, нерусифицированный вариант. Если ваши предки носили эту фамилию, велика вероятность, что они были из духовного сословия, возможно, из центральной России или Поволжья, где семинарские фамилии давали чаще. Встречается написание через «ъ» — Филофьевъ, что в дореволюционных документах не редкость.

Поскольку фамилия не массовая, её география узкая. Она фиксируется в старых метрических книгах Ярославской, Костромской и Владимирской губерний — именно там были сильны традиции церковных фамилий. В современных справочниках её почти нет, что делает Филофьеву скорее родовым маркером, чем распространённой фамилией.