Фамилия Филофеева — одна из тех, что сразу выдают своё церковное происхождение. В её основе лежит каноническое мужское имя Филофей, которое пришло на Русь из греческого языка и означает «боголюбивый» (φιλόθεος — любящий Бога). Это имя давали при крещении, и в святцах оно встречается нередко, хотя в повседневном обиходе всегда было редкостью по сравнению с Иванами или Петрами. От полной формы имени и образована фамилия — с помощью типичного русского суффикса -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный или -й.

Интересна здесь не столько морфология, сколько социальный контекст. Поскольку имя Филофей носило ярко выраженный монашеский оттенок (достаточно вспомнить старца Филофея, автора концепции «Москва — Третий Рим»), в миру его давали нечасто. Поэтому Филофеевы, скорее всего, не крестьянского корня, а выходцы из духовного сословия. Фамилии семинаристов и священников часто образовывались от имён святых, и Филофеева могла появиться в среде приходского духовенства, где ценились «говорящие» фамилии, напоминающие о благочестии.

Встречается и более прозаичный вариант происхождения — от мирского прозвища Филофей. В некоторых регионах так могли назвать человека набожного, любителя церковных служб или, наоборот, с иронией — слишком ревностного в вере. Однако для фамилий на -ев, образованных от полных имён, версия с крестильным именем всегда правдоподобнее.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на третий слог — Филофе́ева, хотя в разговорной речи нередко смещается на второй. Географически фамилия не имеет резкой привязки к одной области: носители встречаются и в центральной России, и в Поволжье, и в Сибири, что характерно для «семинарских» фамилий, которые разносились по стране вместе с перемещениями духовенства. В дореволюционных метрических книгах Филофеевы чаще всего записаны как священники, дьяконы или псаломщики, и лишь изредка — как купцы или мещане.

Редкость фамилии объясняется просто: имя Филофей вышло из обихода ещё в XIX веке, а массового прироста носителей за счёт крестьян не произошло. Поэтому Филофеева — это фамилия-маркер, которая почти наверняка укажет на предка, носившего рясу или сан.