Фамилия Филофеев — одна из тех редких русских фамилий, в основе которой лежит не славянское, а греческое календарное имя. Она образована от имени Филофей (греч. Φιλόθεος — «любящий Бога»). Суффикс -ев указывает на типичную для России модель отчества: Филофеев буквально означает «сын Филофея». Такая форма закрепилась в XVIII–XIX веках, когда фамилии стали обязательными для всех сословий.

Имя Филофей в святцах встречается нечасто. Самый известный носитель — святитель Филофей (Коккин), патриарх Константинопольский XIV века, почитаемый и в русской православной традиции. Однако на Руси это имя никогда не было популярным, поэтому фамилия Филофеев — большая редкость. Она встречается в основном в центральных регионах России и в Поволжье, что подтверждают данные современных телефонных справочников и баз ЗАГС.

Интересно, что в некоторых говорах имя Филофей могли переосмыслить на народный лад — как Филон или Филя. Отсюда, кстати, пошли более частые фамилии Филонов и Филин. Но Филофеев сохранил исходную церковную форму, что говорит о книжном, а не диалектном происхождении. Предки носителя такой фамилии, скорее всего, принадлежали к духовному сословию: священники, дьячки или пономари, где имя Филофей давали по святцам, а не по традиции.

В дореволюционных метрических книгах Филофеевы встречаются в основном среди духовенства Костромской, Ярославской и Владимирской губерний. В дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована, что неудивительно: имя Филофей почти не давали в боярской среде. Таким образом, Филофеев — фамилия, которая прямо указывает на церковные корни и редкое греческое имя, не утратившее своей первоначальной семантики.