Фамилия Филунец — редкая и с точки зрения словообразования, и по географии. Корень здесь, скорее всего, не славянский, а греческий: «филун» могло быть разговорной формой имени Филумен (греч. Philumenos — «любимый»). В православных святцах это имя встречается, хоть и нечасто. Суффикс -ец — типичный для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, он указывает на принадлежность к роду или местности: Филунец — «сын или потомок Филуна». Иными словами, предок носителя этой фамилии, вероятно, звался Филуном — уменьшительно-ласкательной формой от крестильного имени.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с диалектным словом. В некоторых говорах «филун» или «филон» могло означать лентяя, бездельника (от греческого «филон» — «любящий покой»). Однако для фамилии Филунец эта гипотеза слаба: прозвище с таким корнем обычно давали бы в форме Филонов или Филоненко, а не с окончанием -ец.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Встречается в Черниговской, Гомельской областях, изредка — на Кубани, куда её могли принести переселенцы. Сословной привязки нет: Филунцами могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане. Суффикс -ец не указывает на дворянство, а просто фиксирует происхождение от конкретного человека. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые массово формировались в центральной России, модель на -ец оставалась более локальной и личной.

Из-за редкости фамилия почти не меняла написания. Встречаются единичные варианты Филунец с ударением на второй слог (в южных говорах) и на первый (в северных), но орфография устойчива. Путать её с однокоренной Филоненко или Филуновым не стоит — это разные модели образования, хотя корень общий.