Филюшка — уменьшительная форма крестильного имени Филипп, которое в переводе с греческого означает «любящий лошадей». Имя Филипп было очень распространено на Руси, так как часто употреблялось в святцах: в истории православия известно четырнадцать святых покровителей этого имени. Скорее всего, основатель рода Филюшкиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филюшка, со временем получил фамилию Филюшкина.