Фамилия Филюшка — редкий пример, когда фамилия совпадает с уменьшительной формой имени. В основе лежит имя Филя, которое в русской народной традиции было сокращением от Филипп (греч. «любящий коней»). Суффикс -ушк- в русском языке образует ласкательные формы: Филя → Филюшка. Так могли назвать ребёнка или взрослого в кругу семьи, а затем это прозвище закрепилось как фамильное.

Интересная деталь: фамилия не получила типичного родового суффикса -ов или -ин. Обычно от имени Филя образовывали Филькин, Фильков, Филин. А Филюшка осталась в исходной форме — так называли человека по его домашнему, уличному прозвищу. В документах XIX века подобные «голые» фамилии встречаются в основном у крестьян и мещан северных и центральных губерний, где прозвищная традиция держалась дольше.

По звучанию Филюшка — фамилия-однодневка в том смысле, что она могла возникнуть спонтанно. В переписях населения её носители, скорее всего, были выходцами из крестьянской среды, где прозвища давали по именам без дополнительных суффиксов принадлежности. Это отличает Филюшку, например, от фамилии Филюшкин, где суффикс -ин уже указывает на «чей-то сын».

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «филюшка» — так в некоторых говорах называли простоватого, наивного человека. Но здесь первичным всё равно оказывается имя: прозвище Филя само по себе в народе ассоциировалось с простаком (отсюда фразеологизм «филькина грамота»).

Фамилия редкая. В современных справочниках по ономастике она не упоминается в списках распространённых, что делает её ценной для семейной истории: каждый носитель Филюшки с большой вероятностью происходит из узкого круга родственных семей, сохранивших эту форму без изменений.