Фамилия Филюшко звучит на украинский лад, хотя корень у нее — древнее греческое имя, прочно обосновавшееся на Руси. В основе лежит уменьшительная форма Филюша от крестильного имени Филипп, которое переводят как «любящий лошадей». Имя это было настолько распространено, что в святцах значится четырнадцать святых покровителей по имени Филипп, поэтому и производных форм в народе бытовало множество: Филя, Филюха, Филюша.

Суффикс -ко в фамилии — типичный для украинской, белорусской и южнорусской традиции. В этих землях он выполнял роль уменьшительно-ласкательного, а позже закрепился в фамилиях как указание на родство. Буквально Филюшко понимали как «сын Филюши», то есть потомок человека, которого в домашнем кругу звали ласково Филюшей. Такая модель образования фамилий была массовой в XVI–XVII веках, когда закреплялись семейные прозвания.

Интересно, что при всей простоте разбора у фамилии есть и альтернативная версия, хотя и менее правдоподобная. В некоторых говорах Филей могли называть простака или разиню, но это значение вторично и не выдерживает критики: имя Филипп в народной среде давало слишком много производных, чтобы прозвище перебило крестильную основу. Куда вероятнее, что предки носителей фамилии — обычные крестьяне или мещане, чей родоначальник носил распространенное имя Филипп и был известен соседям как Филюша.

Сейчас фамилия Филюшко встречается преимущественно в Украине и на юге России, в тех областях, где исторически бытовал украинский тип фамилий на -ко. Встречаются и варианты написания с одной буквой «л» — Филюко, но они гораздо реже и, скорее всего, возникли из-за ошибок в документах. Сама фамилия — живое напоминание о том, как простое домашнее имя, звучавшее когда-то в крестьянской избе, закрепилось в официальных бумагах и дошло до наших дней почти без изменений.