Фамилия Филюев — один из тех случаев, когда внешне простая основа скрывает под собой сразу две возможные линии происхождения, и обе упираются в личное имя. В центре внимания здесь корень «Фил-», который в русской ономастике почти всегда отсылает к греческому имени Филипп (в переводе — «любитель коней»). В народной, разговорной среде это имя давало множество производных форм: Филя, Филюха, Филюня, Филюй. От последнего, Филюй, и была образована фамилия Филюев с помощью стандартного патронимического суффикса -ев.

Однако есть нюанс. В русских говорах слово «филя» имело и нарицательное значение — так называли простоватого, нехитрого человека, а иногда и просто «увальня». Прозвище Филюй могло закрепиться за человеком с таким характером или поведением, независимо от его крестильного имени. Поэтому у предка носителя фамилии Филюев было два равноправных пути: либо он был сыном некоего Филюя (домашняя форма от Филиппа), либо сам получил прозвище Филюй за свою бесхитростность.

Интересна и географическая привязка. Фамилия Филюев — довольно редкая, но её очаги встречаются в старых документах по Рязанской и Тамбовской губерниям. Это регионы, где форма имени Филюй была особенно употребительна в XVII–XVIII веках. В отличие от более распространённых Филлиповых или Филиных, Филюев сохранил именно эту диалектную, «окающую» или «акающую» форму прозвища, что делает её маркером определённой местной традиции имяобразования.

Суффикс -ев указывает на то, что основа заканчивалась на мягкий согласный или й. В данном случае «Филюй» даёт притяжательное значение «чей?» — Филюев, то есть «сын Филюя». Фамилия не перешла в разряд дворянских или княжеских, а осталась в крестьянской и мещанской среде, что типично для патронимов, образованных от уменьшительных форм имён.