Фамилия Филюнин — одна из тех, где личное имя предка почти полностью стерлось за суффиксом. В основе лежит имя Филимон (греч. φιλήμων — «любящий», «ласковый»). От него пошли уменьшительные формы Филя, Филюня, Филюха. Филюня — это как раз та форма, от которой через притяжательное прилагательное (чей? — Филюнин) и возникла фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Филюнин буквально означал «сын Филюни» или «человек из семьи Филюни». Такая модель типична для центральной и северной России. В южных и восточных регионах чаще встречался бы вариант Филюнов с суффиксом -ов.

Интересно, что имя Филимон в русских говорах иногда переосмысливалось. В некоторых областях «филей» или «филюга» могло означать «простак», «рохля» — прозвище по характеру. Но в случае с Филюниным первичен именно крестильный антропоним. Церковное имя Филимон было распространено в крестьянской и мещанской среде, поэтому фамилия встречается нечасто, но стабильно — в основном в Поволжье и на Вятке.

С точки зрения словообразования, фамилия Филюнин стоит в одном ряду с Филюшиным, Филякиным, Филюковым. Все они — от разных уменьшительных форм одного имени. Разница лишь в том, какой суффикс закрепился в обиходе конкретной семьи: -ин, -ов, -их или -ский в этой группе не встречается, так как имя не дало прозвищной основы для дворянских фамилий.

Исторически носители фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди. В переписных книгах XVII–XVIII веков Филюнины могли записываться как «Филюнин сын» или просто «Филюня». Сословных привилегий фамилия не несёт, зато она надёжно хранит память о предке, которого звали ласково — Филюня.