Фамилия Филюнкин — один из тех случаев, когда на слух легко угадать корень, но неочевидно, что он обозначал на самом деле. Основа здесь — Филюнка, уменьшительная форма от канонического имени Филипп. Такое имя давали в крестьянской и мещанской среде очень часто, и оно породило целое гнездо фамилий: Филатов, Филиппов, Филенков, Филюков и, конечно, Филюнкин. В основе лежит неофициальный, домашний вариант имени, который в быту звучал проще, чем полное.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Филюнкин буквально означает «сын Филюнки». Это классическая модель русских фамилий, где -ин присоединялся к основам на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов (от основ на согласный), здесь мы видим именно такую «материнскую» или «отцовскую» форму, хотя по смыслу, конечно, имеется в виду родство по отцу. Интересно, что в некоторых говорах Филюнкой могли называть не только маленького ребенка, но и взрослого мужчину с мягким характером — как прозвище.

Версия о том, что фамилия могла произойти от прозвища Филюнка, связанного с глаголом «филюкать» (хитрить, изворачиваться), маловероятна. Этот глагол — диалектный и редкий, а имя Филипп в уменьшительной форме Филя было повсеместным. Поэтому основная и самая надёжная гипотеза — происхождение от имени.

Географически фамилия Филюнкин встречается нечасто, но её можно найти в центральных и южных областях России, а также среди переселенцев на Урал и в Сибирь. Носители фамилии — потомки тех, кого в документах XVII–XIX веков записывали как «Филюнка сын такой-то». Поскольку имя Филипп было популярно в самых разных сословиях, предки Филюнкиных могли быть и крестьянами, и мещанами, и даже купцами — сословная привязка здесь слабая, но суффикс -кин чаще встречается в среде простого народа.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что сохранила двойную уменьшительность: сначала имя Филипп сократили до Филя, а затем добавили суффикс -унк-/-юнк- (Филюнка), что придавало форме ласкательный или пренебрежительный оттенок. Такая «матрешка» из суффиксов — характерная черта русской народной ономастики, где одно и то же имя могло обрастать десятками вариантов.