Фамилия Филюнькина — редкий пример того, как домашнее, почти игрушечное прозвище превратилось в официальную фамилию. Её основа — имя Филюнька, которое в свою очередь является уменьшительно-ласкательной формой от крестильного имени Филипп (в просторечии — Филимон или просто Филя). Суффикс -уньк- в русских именах (ср. Ванюнька, Кирюнька) придавал оттенок нежности или принадлежности к младшим членам семьи. Так могли называть ребёнка, любимого внука или младшего сына.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где были распространены «окающие» говоры и формы на -уньк-. В южных регионах чаще встречаются варианты Филенко, Филипенко. Модель образования — типично русская, с суффиксом принадлежности -ин, который в женском роде даёт окончание -а: Филюнькин — сын или потомок Филюньки. Мужской вариант Филюнькин встречается редко, женский — Филюнькина — закрепился за носительницами.

Интересная деталь: фамилия не попала в массовые реестры дворянских родов, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. В XIX веке такие фамилии часто возникали в среде государственных и удельных крестьян, когда при переписях требовалось зафиксировать всех членов семьи по отчеству или прозвищу. Если предок носил прозвище Филюнька, то его детей в документах записывали как «Филюнькины дети» — отсюда и фамилия.

В ономастических словарях эта фамилия не описана подробно, но по аналогии с фамилиями типа Филюшкин, Филяев можно уверенно говорить о её происхождении от канонического Филипп. Редкость фамилии (по открытым данным, в России её носят не более нескольких сотен человек) говорит о том, что родоначальник жил в относительно замкнутой местности, где прозвище не «растворилось» среди множества однофамильцев.