Фамилия Филюнова — женская форма, а мужская, Филюнов, образована с помощью патронимического суффикса -ов. Основа здесь — имя или прозвище Филя. Сразу стоит сказать: Филя — это не самостоятельное крестильное имя, а сокращённая, народная форма сразу от нескольких канонических имён. Чаще всего — от Филипп (древнегреческое «любящий коней»), но также и от Филарет («любящий добродетель»), Филагрий («любящий поле»), Филимон («любимый») и даже от Феофил («боголюбивый»). В быту различать эти полные имена перестали, и Филя стало универсальным уменьшительным.

Словообразовательная модель прозрачна: от Филя через притяжательное прилагательное «Филюнов» (чей? — сын Фили) к фамилии. Суффикс -ов типичен для русских фамилий центральных и северных губерний. Важный нюанс: в основе не Филя, а форма Филюн. Такая форма с суффиксом -ун (-юн) характерна для северо-западных и новгородских говоров. Филюн — это тот же Филя, но с экспрессивным, порой пренебрежительным или, наоборот, ласкательным оттенком. В старых писцовых книгах встречаются записи вроде «Филюнко Ондреев» (XVI век), что подтверждает бытование этой формы как самостоятельного прозвища.

Таким образом, предок носительницы фамилии Филюнова — человек по имени или прозвищу Филюн, то есть либо Филипп (самый частый вариант), либо кто-то из других «Фило-» имён. Социально это, скорее всего, крестьянин или посадский человек: фамилии на -ов из уменьшительных форм в среде простого люда появлялись раньше и естественнее, чем у дворянства. Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу и Северо-Западу, где суффикс -ун в личных именах был особенно живуч.

Встречаются однокоренные фамилии: Филюшкин, Филюхин, Филяев. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами, которые когда-то передавали оттенок отношения к человеку. Филюнова стоит в этом ряду как одна из самых прозрачных по форме — сразу указывает на имя Филюн, не требуя дополнительных реконструкций.