Фамилия Филюнцев — пример сложного словообразования, где за основой, скорее всего, стоит редкое или диалектное прозвище. Если отбросить типичный русский суффикс -ев (указывающий на принадлежность «чей?»), остаётся корень «Филюнц-». В нём угадывается основа «Филя» — народная форма имён Филарет, Филимон или Филипп. Добавление суффикса -унц- (или -юнц-) характерно для южнорусских и украинских говоров: так образовывали прозвища с оттенком иронии или ласкательности. То есть «Филюнец» — это «маленький Филя» или, с большей вероятностью, «Филя с причудами», «Филя-простофиля». Суффикс -ец в прозвищах часто придавал уничижительный или уменьшительный смысл.

По модели образования фамилия Филюнцев близка к фамилиям Филюнкин (от Филюнька), Филюшкин, Филюков. Но именно вариант с -унц- встречается редко и географически локализован. В переписях и архивных записях такой корень почти не фиксируется за пределами южных областей России — Курской, Воронежской, Ростовской губерний. Там суффикс -ун-/-юн- был продуктивен: отсюда же фамилии Верюнцев, Малюнцев, Слюнцев. Вероятно, предок носителя фамилии был крестьянином или посадским человеком, получившим прозвище Филюнец за какой-то характерный поступок или внешность.

Версия о происхождении от названия ремесла или предмета маловероятна: в русских диалектах нет слова «филюнец», обозначающего профессию или инструмент. Ономастический словарь Б. Унбегана упоминает похожую модель для фамилий на -унцев, но не приводит Филюнцева как устойчивый вариант. Это говорит о том, что фамилия либо очень молодая (XIX век), либо сильно искажена при записи — например, изначально могла быть Филюнцев с ударением на первый слог, а со временем произношение сместилось.

Таким образом, значение фамилии Филюнцев простое: «сын (или потомок) человека по прозвищу Филюнец», где прозвище — уменьшительно-ироничное производное от имени Филя. Носитель такой фамилии, скорее всего, имеет корни в южнорусской крестьянской среде, и его предки не были ни дворянами, ни духовенством — фамилия осталась в низших сословиях.