Фамилия Филюнов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Филюнов послужило церковное имя Филипп. Существует несколько вариантов толкования этимологи фамилии Филюнов. Это имя пришло в русский язык из греческого и переводится как «любитель лошадей». Основой же для фамилии послужила его простонародная форма Филюн. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, фамилия Филюнов происходит от прозвища Филюн. Оно ведет свое начало от нарицательного «филя», которое во многих областях имело значение «простофиля, простак, разиня». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филюн, со временем получил фамилию Филюнов. О точном месте и времени возникновения фамилии Филюнов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Филюнов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.