Фамилия Фидюнин образована от имени или прозвища Фидюня. В русской ономастике это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Феодор (в просторечии Фёдор). Механизм типичен: основа Фид- (из Фед- через диалектное «и» вместо «е») плюс суффикс -юн-, который придаёт слову оттенок ласкательности или принадлежности к чему-то маленькому. В итоге Фидюня — это «маленький Фёдор» или «Фёдорушка», а Фидюнин, соответственно, «чей?» — сын Фидюни, потомок человека с таким прозвищем.

Суффикс -ин в фамилии указывает на старую притяжательную модель, характерную для северных и центральных областей России. В южнорусских говорах чаще встречался бы вариант Фидюненко или Фидюнов. Поэтому Фидюнин — фамилия, скорее всего, из Владимирской, Ярославской, Костромской или соседних губерний. Там «ёканье» и «иканье» в разговорной речи давали такие формы: Фидор вместо Фёдор, Филон вместо Фелон.

Встречается и другая версия: основа могла быть связана не с Фёдором, а с диалектным глаголом «фидюкать» или существительным «фидюк» — в некоторых говорах так называли капризного, плаксивого человека. Тогда Фидюня — прозвище по характеру, а фамилия пошла от него. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, слово «фидюк» редкое и локальное, во-вторых, модель образования «имя + -юня» (как Ванюня, Петюня) гораздо чаще работает с крестильными именами.

По сословной принадлежности Фидюнины — почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет. В XIX веке носители встречаются в основном в переписях крестьян Владимирской и Нижегородской губерний, реже — в Сибири, куда переселенцы уходили после отмены крепостного права.

Если ваш предок — Фидюнин, то с высокой вероятностью он был потомком крестьянина по имени Фёдор, которого в быту звали ласково Фидюней. Фамилия не редкая, но и не массовая: по современным данным, в России её носит около двух-трёх тысяч человек.