Фамилия Филюшина образована от имени Филюша — народной, обиходной формы крестильного имени Филипп. В переводе с древнегреческого это имя означает «любитель лошадей» (от «филиппос» — любящий коней). Имя Филипп было широко распространено на Руси: оно часто встречалось в святцах, и в православной традиции известно четырнадцать святых покровителей этого имени, среди которых — мученик Филипп Апамейский. Такая популярность имени и породила множество уменьшительных форм, и Филюша — одна из самых естественных и употребительных.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Филюшина буквально означает «дочь (или жена) Филюши», то есть потомок человека, которого в быту звали Филюшей. Модель образования простая и типичная для русских фамилий, закрепившихся в крестьянской и рабочей среде. Скорее всего, основатель рода Филюшиных был человеком из простого сословия — такие фамилии на -ин чаще всего фиксировали прозвище или имя главы семьи без претензий на знатность.

Следы фамилии встречаются в исторических документах. В Книге памяти Алтайского края упоминается Филюшин Василий Владимирович, родившийся в 1895 году в Нижегородской губернии; он работал механиком приискового управления треста «Запсибзолото». Это подтверждает связь фамилии с трудовой, рабочей средой и её распространение за Уралом в годы промышленного освоения Сибири.

К известным представителям рода относится Филюшин Владимир Владимирович, ветеран Великой Отечественной войны. Он попал на фронт в начале 1942 года, служил в 451-м полку, входившем в состав 5-го штурмового авиационного корпуса, которым командовал первый Герой Советского Союза Николай Петрович Каманин. Владимир Владимирович прошёл всю войну и совершил 180 боевых вылетов. Эта биография — редкое документальное свидетельство того, как фамилия, рождённая из простого народного имени, прошла через века и оказалась вписана в военную историю страны.

Отдельно стоит сказать о написании: форма Филюшина с ударением на втором слоге — женский вариант фамилии, тогда как мужская форма — Филюшин. В документах встречаются оба варианта, и путаница между ними обычна. Сама фамилия не слишком частотна, что делает её носителей легко узнаваемыми в родословных и архивных выписках.