Фамилия Филюткина образована от мужского крестильного имени Филипп, которое в переводе с древнегреческого означает «любитель лошадей». В основу фамилии легла производная форма имени — Филютка. Это уменьшительно-ласкательный вариант, который в быту использовали для простого и быстрого обращения к человеку, носившему полное церковное имя.

Помимо Филиппа, у Филютки есть и другие возможные «родители». В русской ономастике допускают, что это производная форма от имен Филимон (греческое, «любимый»), Филарет («любящий добродетель»), Феофил («любимец Бога») или Памфил («всеми любимый»). Все они — греческие по происхождению и входили в православные святцы, так что выбор здесь не ограничивается одним вариантом.

Словообразовательная модель проста и типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на согласный, и отвечал на вопрос «чей?». То есть Филюткин буквально означает «сын Филютки», «ребенок Филютки». Такая форма закрепилась в среде простого сословия: крестьян, ремесленников, посадских людей, где отчества на -ин и -ов были нормой, в отличие от дворянских фамилий на -ский.

Скорее всего, основатель рода Филюткиных был человеком незнатного происхождения. Само имя Филютка звучит обиходно, по-домашнему — так могли звать парня или мужика в деревне, а не боярина. В документах XVI–XVII веков подобные краткие формы имен фиксировались сплошь и рядом, и именно из них потом вырастали устойчивые родовые прозвания.

Интересно, что фамилия сохранила в себе редкий суффикс -ют-, который встречается не так часто, как стандартные -к- или -ш-. Этот суффикс придавал имени оттенок ласкательности и даже некоторой фамильярности. Можно сравнить с однокоренными фамилиями Филиппов, Филин, Филютин — все они восходят к тому же источнику, но Филюткин выделяется именно этой необычной промежуточной формой.

Сегодня фамилия встречается в разных регионах России, но особой географической привязки не имеет — она рассеяна по стране, что типично для фамилий, возникших из народных форм имен. Потомок человека по имени Филютка, каким бы ни было его полное крестильное имя, со временем получил фамилию Филюткин, и она закрепилась за его родом.