Фамилия Филюткин образована от производной формы мужского крестильного имени. В основе лежит имя Филютка — так в народной традиции могли называть человека, носившего одно из греческих по происхождению имен. Чаще всего исследователи связывают Филютку с именем Филипп, которое переводится с древнегреческого как «любитель лошадей». Однако это не единственная версия.

Филютка могла быть уменьшительной формой и от других имен с тем же начальным слогом: Филимон (греческое, «любимый»), Филарет («любящий добродетель»), Феофил («любимец Бога») или Памфил («всеми любимый»). Все эти имена были распространены в святцах, а в быту их сокращали до коротких и удобных форм. Выбор конкретного имени-первоисточника для каждой отдельной семьи уже не восстановить, но сам механизм типичен для русской ономастики: церковное имя превращалось в домашнее прозвище, а оно, в свою очередь, закреплялось за потомками.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Филюткин означает «сын Филютки» или «человек из рода Филютки». Такая модель широко использовалась в северных и центральных русских говорах, где имена на -ка давали особенно часто. Сама фамилия встречается не повсеместно, а тяготеет к регионам, где бытовали подобные разговорные формы имен, — это делает ее своеобразным маркером местной речевой традиции.

Итог простой: предки носителей фамилии Филюткин носили одно из крестильных имен с корнем «фил-», а в обиходе их звали ласково и коротко — Филютка. Потомки этого человека со временем получили фамилию, которая сохранила память о том, как звучало его имя в кругу семьи и соседей.