Фамилия Филютина — один из тех случаев, когда разбор суффикса сразу указывает на происхождение. Окончание -ин подсказывает: перед нами притяжательное прилагательное, образованное от имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я. В основе лежит мужское имя Филюта.

Филюта — это народная, разговорная форма полного церковного имени Филипп. В русской традиции имена часто «укорачивали» на свой лад: Филипп превращался в Филю, Филюту, Фильку, Филимона. Суффикс -ут(а) в имени Филюта — характерный для древнерусского и диалектного словообразования (сравните: Ванюта, Мишута, Петрута). Он придавал имени ласкательный или просторечный оттенок.

Таким образом, Филютина буквально значит «дочь (или жена) Филюты». Первым носителем фамилии мог быть человек, которого в быту звали Филютой — либо по имени, либо по прозвищу, производному от того же корня. Второй вариант менее вероятен, но возможен: в некоторых говорах «филюта» могло означать простоватого, недалёкого человека, однако основная версия всё же крестильная.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — там, где было распространено аканье и суффикс -ут(а) в именах встречался чаще. Встречаются и однокоренные варианты: Филютин, Филюточкин, Филькин, Филиппов. Но Филютина — именно «материнская» форма, то есть закрепившаяся за женщиной или, что реже, за потомком по женской линии.

Никаких громких исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не значится, что типично для фамилий, образованных от разговорных форм имён: они бытовали в основном в крестьянской и мещанской среде. Фамилия не редкая, но и не массовая — её носители живут в основном в европейской части России.