Фамилия Филютин — один из примеров, когда за привычным «-ин» скрывается не отчество от церковного имени, а прозвище, связанное с диалектным словом. Вопреки первому впечатлению, основа здесь не Филя (народная форма имени Филипп), хотя такое родство тоже возможно. Намного интереснее версия, отталкивающаяся от глагола «филюкать» — в северных и сибирских говорах это означало «петь фальшиво, тянуть не в лад», а также «шататься без дела, лентяйничать». Соответственно, Филюта — человек, который либо поёт фальшиво (прозвище для неудачливого певчего), либо бездельник, «филя» (ср. с диалектным «филя» — простак, ротозей). Суффикс -ут- в прозвище Филюта — редкий, он характерен для экспрессивных, оценочных образований (сравните: горюта, пискута). Так что Филютин — буквально «сын (или потомок) того, кого звали Филюта».

Вторая, более очевидная, но менее вероятная гипотеза — от имени Филя, Филюта как уменьшительной формы от Филарет, Филимон или того же Филиппа. В этом случае фамилия встаёт в один ряд с Филяевым, Филькиным, Филюшкиным. Однако замена суффикса -к- на -ут- для русских уменьшительных имён нехарактерна: обычно говорят Филька, Филюшка, а не Филюта. Поэтому версия с прозвищем убедительнее.

С точки зрения географии, фамилия редкая и «северная». По данным переписей и архивов, Филютины встречаются в Архангельской, Вологодской областях и в Поволжье, что косвенно подтверждает связь с северным диалектом. В центральных губерниях фамилия почти не фиксируется.

В дореволюционных списках фамилия не принадлежала дворянским родам. Скорее всего, первые Филютины — крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по уличному прозвищу предка. Ономастические справочники (например, работы В. А. Никонова) фамилию не выделяют, но её словообразовательная модель типична для некалендарных прозвищ на -ута.