Фамилия Фликов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с русским, а с немецким или еврейским (идиш) языком. В исконно русских фамилиях корень «флик» практически не встречается: для славянской фонетики характерно начальное «хл» или «пл». Поэтому носитель фамилии Фликов, скорее всего, потомок выходца из немецких земель или евреев-ашкеназов, живших в черте оседлости.

Самая прямая версия отсылает к немецкому слову «Flick» — заплата, лоскут, а также к глаголу «flicken» (чинить, латать). В этом случае прозвище Флик получал портной или сапожник, который занимался починкой старой одежды и обуви. В немецких говорах так могли называть и просто неаккуратного человека, «ходящего в заплатках». Фамилия образована по русской модели: к основе Флик добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Флика» или «из семьи Флика». Это типичная история для иностранцев, которые селились в России и получали русифицированные фамилии.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — происхождение от еврейского прозвища, связанного с идишским словом «פֿליק» (flik), которое в некоторых диалектах означало «быстрый» или «ловкий». Однако в ономастике нет надёжных подтверждений массового бытования такого прозвища, поэтому версия с ремеслом выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к западу бывшей Российской империи: её можно встретить в исторических документах по Волынской, Подольской и Киевской губерниям, а также в Прибалтике. В современной России Фликовы — редкость, и их концентрация невысока. С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с такими же «немецкими» фамилиями на -ов: Шмидтов, Фишеров, Мюллеров. Только в случае с Фликовым исходное прозвище было не фамилией, а именно описанием занятия — портного-заплаточника, что делает фамилию не просто заимствованной, а «профессионально-бытовой».