Фамилия Флинтюк — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или внешностью человека, а с его ремеслом. Если снять украинский суффикс -юк (указывающий на потомка или принадлежность), остаётся корень «флинт». В польском и украинском языках «флинт» или «флiнт» — это ружейный кремень, а также пистолет или ружьё с таким кремнёвым замком. Носителя фамилии в XVI–XVII веках могли прозвать Флинтом за то, что он делал такие ружья, торговал ими или, что вероятнее, был стрелком из кремнёвого оружия.

Суффикс -юк характерен для западноукраинских и подольских земель. В отличие от восточноукраинского -енко, модель на -юк чаще встречается на Волыни, в Галичине и на Буковине. Флинтюк — типичная фамилия-прозвище, которая закрепилась за одним человеком, а затем перешла к его детям. В России, где кремень называли просто «огниво» или «кремень», аналогов почти нет, зато в польской ономастике известна фамилия Flint, от которой Флинтюк — прямая восточнославянская производная.

Стоит заметить, что в украинских говорах «флинт» могло означать и «щеголь», «франт» (от немецкого flink — «проворный»), но это менее вероятно. Основная версия — ремесленная или военная: предок Флинтюков либо обслуживал кремнёвое оружие, либо был метким стрелком. Фамилия недвусмысленно указывает на конкретное занятие, а не на абстрактное качество, что делает её прозрачной для этимолога и редкой по звучанию.