Фамилия Флудко — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии, а её происхождение, скорее всего, лежит за пределами восточнославянского ареала. Суффикс -ко — типичный для украинских и белорусских фамилий, он указывает на уменьшительно-ласкательную или патронимическую форму (как в фамилиях Шевченко, Григоренко). Но корень «Флуд-» в славянских языках не встречается. Это заставляет искать объяснение в других языковых семьях.

Самая вероятная версия — немецкая или еврейская (ашкеназская) основа. Немецкое слово Flut означает «поток», «наводнение», «прилив». В таком случае фамилия могла возникнуть как прозвище человека, жившего у воды, или же как указание на бурный, «потоковый» характер. В немецком языке есть и фамилия Flut, и её производные. Суффикс -ко мог появиться уже на украинской или белорусской почве, когда немецкое прозвище адаптировали по местной модели: например, переселенца из немецких колоний (в Причерноморье или на Волыни) прозвали «Флуд», а его потомки стали Флудко.

Менее вероятная, но возможная версия — искусственное или канцелярское происхождение. В XIX веке при записи фамилий в метрические книги писарь мог исказить редкую фамилию (например, польскую или литовскую) до звучания «Флудко». Вариант, что корень связан с английским flood («наводнение»), маловероятен: английские фамилии такого типа практически не встречаются в Восточной Европе.

Географически фамилия Флудко встречается крайне редко, в основном на западе Украины, в Беларуси и среди потомков немецких колонистов. В дореволюционных источниках она не фиксируется, что говорит о её позднем формировании или малочисленности рода. Носители фамилии, если принять немецкую версию, могли быть ремесленниками, мельниками или крестьянами, жившими у реки, — прозвище по месту жительства было самым простым способом идентификации в сельской общине.