Фамилия Флуднева — женская форма фамилии Флуднев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Флудень, которое, скорее всего, связано с древнерусским глаголом «флудить» — то есть обманывать, плутовать. В говорах слово «флуд» означало «обман, ложь», а «флудень» — обманщик, хитрец. Таким образом, прозвище мог получить человек лукавый или склонный к розыгрышам.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ев- присоединяется к основе на мягкий согласный (Флудень → Флуднев). Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность к роду: «жена или дочь Флуднева». Фамилия сравнительно редкая, и её корень не связан с церковными именами — это чисто бытовое, мирское прозвание.

В ономастике нет единого мнения о происхождении этой фамилии. По одной из версий, «флуд» мог быть вариантом слова «флюд» (от «флюдить» — течь, лить), и тогда прозвище дали бы водянистому или неопрятному человеку. Но эта гипотеза слабее: глагол «флудить» в значении «обманывать» зафиксирован в северных и сибирских говорах, что даёт более надёжную основу. Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает диалектное происхождение.

Интересно, что фамилия Флуднев стоит в ряду однокоренных, но редких: Флудов, Флудин. Все они образованы от одного корня с разными суффиксами, и все несут «нелестный» оттенок прозвища. В старину такие фамилии нередко давали не в обиду, а как оберег: считалось, что, назвав ребёнка «обманщиком», родители отводили от него настоящую беду.