Основой фамилии Фофлина послужило церковное имя Феофан. Имя Фофля предположительно представляет собой просторечную форму церковного имени Фофан (Феофан), которое восходит к греческому Theophanes - «богоявленный». Скорее всего, основатель рода Фофлиных был человеком из простого сословия. По другой версии, фамилия Фофлина образована от прозвища Фофля, этимологически связанного с русским нарицательным «фофан», что значит «простак, бесхитростный человек». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фофля, со временем получил фамилию Фофлина.