Фамилия Фохтин звучит непривычно для русского уха, и это неудивительно: за ней стоят сразу две возможные истории происхождения. Основная версия связывает её с церковным именем Фохта — производной формой канонического имени Феоктист, которое в переводе с греческого означает «Богом созданный». В православной традиции известно восемь святых покровителей этого имени, и один из них — Святитель Феоктист, епископ Черниговский. Он принадлежал к числу великих старцев, исцеливших молитвой преподобного Никиту, впоследствии ставшего святителем Новгородским. Верующие обращаются к памяти святителя Феоктиста и 28 сентября, когда он упоминается в девятой песни канона Собора преподобных отцов Ближних пещер.

Менее вероятная, но любопытная версия предполагает, что Фохтин — русифицированный вариант немецкой фамилии Фохт. Такое прозвище восходит к нарицательному «Vogt» — так в средние века в Германии и Швейцарии называли чиновника, наместника императора. В этом случае прозвище указывало и на род занятий основателя фамилии (чиновник, судья, епископ), и на его социальное положение — человека, наделённого властью и пользующегося уважением.

Если присмотреться к словообразованию, фамилия Фохтин построена по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Фохтин, то есть сын, потомок Фохты. Такая модель в русских фамилиях встречается реже, чем патронимическая на -ов/-ев, что уже само по себе делает фамилию заметной. Первая версия выглядит правдоподобнее: имя Фохта могло бытовать в крестьянской и мещанской среде как обиходный вариант Феоктиста, а немецкое заимствование в чистом виде вряд ли получило бы столь органичный русский суффикс. Скорее всего, предки носителей фамилии жили в центральной России или на севере, где имя Феоктист было распространено, а в просторечии сокращалось до Фохты. Точных документальных свидетельств о времени возникновения фамилии нет, но сам тип образования говорит о том, что она сформировалась не позднее XVII–XVIII веков, когда фамилии начали закрепляться у непривилегированных сословий.