Фамилия Фохтина чаще всего восходит к церковному имени Фохта — производной форме имени Феоктист. В переводе с греческого оно означает «Богом созданный». В православной традиции известно восемь святых покровителей этого имени, и среди них — Святитель Феоктист, епископ Черниговский. Он принадлежал к числу великих старцев, которые молитвой исцелили преподобного Никиту, впоследствии ставшего святителем Новгородским. Верующие обращаются к памяти святителя Феоктиста 28 сентября, когда его имя звучит в девятой песни канона Собора преподобных отцов Ближних пещер.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Фохтин — «сын Фохты», а Фохтина — женская форма той же фамилии. Такой тип фамилий широко распространён в северных и центральных русских говорах, где краткие формы имён с окончанием -а давали основу для притяжательных прилагательных.

Менее вероятно, что фамилия представляет собой русифицированный вариант немецкой фамилии Фохт. Она образована от прозвища, которое ведёт начало от нарицательного «Vogt» — так в средние века в Германии и Швейцарии называли чиновника, наместника императора. В этом случае прозвище могло указывать и на род занятий основателя фамилии (чиновник, судья, епископ), и на его социальное положение — человека, наделённого властью и уважением. Но эта гипотеза выглядит слабее: для русской почвы естественнее опереться на календарное имя, тем более что форма Фохта органично вписывается в ряд народных производных от Феоктиста.

Как бы то ни было, потомок человека по имени Фохта со временем получил фамилию Фохтин, а его жена или дочь стали писаться Фохтиной. Сегодня фамилия встречается нечасто, но сохраняет память о древнем имени с глубоким церковным смыслом.