Фамилия Фоконова — женская форма мужской фамилии Фоконов, и её происхождение стоит искать не в географическом названии или имени, а в прозвище, которое получил предок. В русском языке суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Фоконов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Фокон.

Само слово «фокон» в русских говорах — редкое. Скорее всего, это местное, диалектное прозвище. Наиболее правдоподобная версия связывает его с глаголом «фокать» или «фокнуть» — в некоторых областях (например, в вятских и пермских говорах) так говорили о человеке, который делает что-то резко, неожиданно, с шумом или хлопком. Фоконом могли прозвать вспыльчивого, порывистого человека, который «фокает» — то есть действует сгоряча. Есть и более прозаичное объяснение: в северных диалектах «фокон» — это вид рыболовной снасти, а значит, прозвище могло закрепиться за рыбаком или мастером по изготовлению сетей.

В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), модель на -ов здесь стандартна: прозвище Фокон дало основу, а суффикс оформил фамилию. Встречаются и однокоренные, но более редкие варианты: Фокин (от Фока, церковного имени), Фокинский. Фоконова стоит особняком — она не от имени, а от прозвища, и в этом её отличие.

Географически фамилия тяготеет к северу и северо-востоку России: в переписях XIX века Фоконовы фиксировались в Вологодской и Вятской губерниях. Сословно это были преимущественно государственные крестьяне, реже — мещане. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено.

Сегодня Фоконова — редкая фамилия, и её носители, скорее всего, потомки тех самых вятских или вологодских крестьян, получивших прозвище за характер или занятие. Точное значение утрачено, но связь с диалектным словом «фокон» остаётся наиболее обоснованной гипотезой.