Фамилия Фоканова — женская форма фамилии Фоканов. В основе лежит мужское имя Фокан, которое, в свою очередь, является производной формой от крестильного имени Фока. Имя Фока (греч. Phokas — «тюлень») носил один из раннехристианских святых, епископ Синопский. В русской традиции имя было нередким, особенно в купеческой и крестьянской среде, а уменьшительные формы вроде Фокан, Фокин, Фокша образовывались по живой народной модели.

Суффикс -ов в основе Фоканов указывает на типичную для русских фамилий модель притяжательности: «чей сын?» — Фоканов, то есть потомок человека по имени Фокан. Поскольку фамилия образована от полной формы имени, а не от прозвища, она относится к так называемым «полуотчествам» — фамилиям, застывшим на стадии отчества. Такие фамилии чаще встречались у духовенства и крестьянства, реже — у дворянства, которое предпочитало более сложные модели.

Географически фамилия Фоканов (и Фоканова) тяготеет к центральным и северным регионам России. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этим именем в Архангельской, Вологодской и Костромской губерниях. В этих краях имя Фока было особенно популярно благодаря почитанию святого Фоки, которого считали покровителем мореплавателей и рыболовов.

Существует и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Фокан, данного человеку с повадками тюленя — медлительному или неуклюжему. Однако в ономастике более убедительной считается версия от канонического имени, так как прозвищная основа «фокан» не зафиксирована в русских говорах как самостоятельное слово. Таким образом, предки Фокановых с высокой вероятностью были людьми, чей отец или дед носил имя Фокан, а сами они относились к крестьянскому или мещанскому сословию.