Фамилия Фокаев — яркий пример того, как личное имя, почти забытое в повседневном обиходе, продолжает жить в русских фамилиях. В её основе лежит каноническое мужское имя Фока. Это имя греческого происхождения (Phokas), которое переводится как «тюлень» или «морской котик». В святцах оно связано с несколькими раннехристианскими святыми, наиболее известный из которых — священномученик Фока Синопский, почитаемый как покровитель мореплавателей.

Словообразовательная модель здесь стандартная и прозрачная: к основе имени (Фок-) добавили суффикс -аев. Этот суффикс — фонетический вариант более распространённого -ев, который появляется после мягких согласных и шипящих. В имени Фока конечный звук [а] мягкий, поэтому возникло написание «Фокаев», а не «Фоков». Фамилия означает «сын Фоки» или «потомок Фоки», то есть отвечает на вопрос «чей?».

Любопытно, что имя Фока в дореволюционной России было нередким в купеческой и мещанской среде, но почти не встречалось среди крестьянства центральных губерний. По данным переписей XIX века, Фокаи чаще фиксировались на юге России и в Поволжье — в местах, где была развита торговля и судоходство. Это косвенно подтверждает гипотезу о связи имени с морской тематикой: предки Фокаевых могли быть лоцманами, рыбаками или купцами, ходившими по Волге и Каспию.

Встречается и более редкая версия происхождения — от прозвища Фокай, которое давали человеку с большими глазами или круглым лицом (от тюркского «фукай» — «пучеглазый»). Но ономастические словари, в частности работы Б. Унбегауна, склоняются к церковному имени как к основному источнику, а прозвищная версия считается вторичной.

Фамилия Фокаев не относится к числу массовых, но её носители встречаются по всей России, особенно в Ростовской, Волгоградской областях и в Ставропольском крае. Ударение в ней традиционно ставится на второй слог — Фокáев, хотя в бытовой речи нередко можно услышать и вариант с ударением на первый слог.