Основой фамилии Фокеев послужило церковное имя Фокей. Мужское личное имя Фокей (Фока) имеет греческое происхождение и переводится как «родом из Фокиды (области в Греции)», по другой версии — как «тюлень». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фокей, со временем получил фамилию Фокеев.