Основой фамилии Фокеева послужило церковное имя Фокей. Мужское личное имя Фокей (Фока) имеет греческое происхождение и переводится как «родом из Фокиды (области в Греции)», по другой версии — как «тюлень». Скорее всего, основатель рода Фокеевых был выходцем из высшего сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фокей, со временем получил фамилию Фокеева.