Фамилия Фокеева образована от мужского личного имени Фокей. Это имя пришло на Русь вместе с христианством из Византии и имеет греческие корни. Наиболее распространённое толкование переводит его как «родом из Фокиды», то есть из области в Средней Греции. Существует и альтернативная версия, возводящая имя к греческому слову, означающему «тюлень», но она считается менее убедительной.

В основе фамилии лежит каноническая, церковная форма имени. В повседневном обиходе чаще использовалась краткая форма — Фока, которая дала жизнь множеству других фамилий: Фокин, Фокинцев, Фочкин. Фамилия Фокеева закрепилась именно за той ветвью рода, где имя употребляли в полной форме.

Словообразовательная модель проста: к основе Фокей добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев, который указывает на родство. Фокеева буквально означает «дочь или жена Фокея». Такая форма, с окончанием -а, исторически закреплялась за женщинами, но в современном употреблении она же служит и для обозначения всей семьи.

Судя по тому, что фамилия построена от полного, а не уменьшительного имени, её основатель, вероятно, принадлежал к социальной среде, где было принято строго следовать церковным канонам в именовании. В крестьянской среде чаще использовали обиходные формы, поэтому полное имя Фокей в основе фамилии — это признак того, что предок мог относиться к духовенству, купечеству или служилому сословию. Однако точных сведений о сословной принадлежности конкретного рода Фокеевых нет.

Отметим, что путаница с написанием возникает из-за схожести с фамилией Фокеев. Оба варианта имеют право на существование, но восходят к разным формам одного и того же имени. Фокеева — это форма женского рода, которая в документах часто закреплялась за женщинами, но в быту могла обозначать и всю семью.